Die Vermittlung von Methodenkompetenz ist wesentlicher Bestandteil aller Fördermaßnahmen. Dies gilt insbesondere für die jüngsten Teilnehmer der SommerAkademie. Zu den systematischen Übungen gehören:
Von den teilnehmenden Schülerinnen und Schülern wird eine schriftliche Darstellung ihrer Arbeit angefertigt, die in Form einer CD-ROM die gemeinsam verbrachte Zeit dokumentiert.
Die SommerAkademie findet zeitgleich mit der JuniorAkademie in den beiden letzten Wochen der Sommerferien statt. Mit dieser Festlegung ist eine langfristige Planung möglich.